A Auditoria Setorial tem por finalidade executar, no âmbito da Secretaria, as atividades de auditoria interna estabelecidas pelo Sistema Estadual de Auditoria Interna,competindo-lhe:

• Exercer o controle interno dos atos de despesa em consonância com os princípios da legalidade, impessoalidade, moralidade, publicidade, razoabilidade, eficiência e economicidade;
• Implementar ações preventivas que assegurem a correta utilização dos recursos públicos e assessorar as unidades no cumprimento da legislação vigente;
• Controlar e acompanhar a execução dos convênios,contratos e outros instrumentos legais firmados com organizações de direito público ou privado;
• Analisar e conferir os processos de prestação de contas;
• Atender às diligências dos órgãos públicos fiscalizadores financiadoras e acompanhar o cumprimento das recomendações decorrentes;
• Cumprir a orientação normativa emanada de unidade central a que esteja subordinada tecnicamente como unidade setorial de subsistema ou sistema estadual;
• Exercer outras atividades correlatas.